Institusi pendidikan adalah suatu institusi yang sangat penting di dalam sebuah Negara. Karena pendidikan adalah sangat utama untuk mendapatkan SDM yang bermanfaat dan berpendidikan guna memajukan kecerdasan bangsa seperti pada Pembukaan UUD 1945.

Institusi-institusi pendidikan itu sendiri memiliki sebuah organisasi dan menggunakan struktur organisasi yang pastinya sudah dirapatkan terlebih dulu dalam diri Institusi tersebut.
Terdapat Institusi pendidikan yang menggunakan Struktur Organisasi Fungsional sebagai struktur institusi pendidikannya.

Adapun Organisasi Fungsional itu sendri adalah suatu organisasi di mana wewenang dari pimpinan tertinggi dilimpahkan kepada kepala bagian yang mempunyai jabatan fungsional untuk dikerjakan kepada para pelaksana yang mempunyai keahlian khusus.

Ciri-ciri dari struktur organisasi ini adalah :
1. Ini merupakan organisasi yang kecil
2. Di dalam organisasi ini terdapat kelompok-kelompok kerja staf ahli
3. Terdapat spesialisasi dalam pelaksanaan tugas
4. Targetnya jelas
5. Pengawasannya juga dilakukan secara ketat

Contohnya dalam bidang pendidikan kita dapat melihat adanya bag.kesiswaan, bag.ekstrakulikuler, bag.koperasi, bag.UKS, bag.keuangan, dll.

Tetapi, struktur ini apabila digunakan dalam suatu Institusi Pendidikan, akan menimbulkan beberapa ketimpangan, seperti :

1. Pejabat fungsional dalam institusi pendidikan ini akan kebingungan dalam mengikuti prosedur administrasi, sebetulnya ini adalah masalah penting karena menyangkut kinerja dan perolehan yang di dapat oleh setiap bagian, dan juga dalam surat-menyurat yang dibutuhkan dalam suatu institusi.

2. Koordinasi terhadap tiap-tiap bagian akan sulit dilaksanakan karena setiap bagian memiliki kewenangan masing-masing dan akhirnya akan terdapat banyak miscommunication dan perbedaan pendapat atau keputusan jika terdapat suatu masalah, karena mereka jadi terlihat seperti berjalan sendiri-sendiri.

3. Inspeksi akan sulit dilaksanakan dikarenakan pangkat pejabat fungsional pastinya akan lebih tinggi daripada kepala-kepala unit, sehingga akan sulit bagi institusi pendidikan ini untuk melakukan screening, walaupun ketat, tapi kurang detail, jadi akan banyak kekurangan kecil yang mungkin dapat merusak pada kemudian hari.